비영리법인의 과세특례

안장순세무회계사무소 (평촌역 동안양세무서 앞 효성인테리안 오피스텔 102호) 당 사무소에서는 장부기장대리, 법인세신고대리,종합소득세신고대리, 양도소득세, 상속및증여세, 기업진단, 회계감사를 주업으로 하고 있습니다. 또한 신규 법인설립을 하는 경우 법인 설립 후 기장을 의뢰하시면 법인설립시 법무사비용을 지원하고, 사업자등록을 무료로 신청해 드리고 있습니다. 상담전환:031-476-9666, 010-2654-7159

 

비영리법인의 과세특례

 

1. 준비금의 손금계상 특례

 

(1) 의의

내국법인이 "조세특례제한법"에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 "주식회사의 외부감사에 관한 법률" 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액 상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다(법61①).

 

비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정한 금액의 범위 안아에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다(법29①).

 

 

(2) 설정대상 비열리법인의 범위

비영리내국법인과 법인으로 보는 단체 중 다음의 단체에 한하여 고유목적사업준비금을 설정할 수 있다(법29①). 다만, 조세특례제한법 제72조 제1항의 규정에 의하여 당기순이익 과세를 적용받는 조합법인인 비영리내국법인은 법 제29조의 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없다(법기통 29-56-1).

 

1) 지정기부금단체제 해당하는 다음의 법인(법령36①1).

 

 

 

 

2) 기획재정부령이 정하는 지정기부금단체(법칙18①).

 

 

 

 

 

(3) 손금산입한도

① 학교법인 등(조특법74①): 수익사업소득×100%

② 농협중앙회 등(조특법 74②): (수익사업소득-이월결손금)×80%

③ 기타비영리법인(법법29①): 이자소득·배당소득 등의 금액×100% + 기타수익 사업소득금액×50(80)%

 

 

(4) 준비금의 전입

 

1) 결산조정 방법

비영리법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금으로 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우라 함은 결산조정으로 손금에 산입하여야 한다는 의미이다. 다만, 비영리내국법인이 법인세법 제12조의2 제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하지 아니하고 수익사업에서 생긴 소득을 당해 법인의 고유목적사업 등에 직접 지출한 경우에 그 금액은 고유목적사업준비금을 계상하여 지출한 것으로 보는 것이므로 결산조정을 한 것으로 본다(서이 46012-10111, 2003.01.16).

고유목적사업준비금을 설정하는 경우의 회계처리는 다음과 같다.

차) 고유목적사업준비금전입                 ******                      대) 고유목적사업준비금                 *****

 

 

2) 신고조정 방법

고유목적사업준비금은 결산조정이 원칙이나 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조의 규정에 의한 외부감사를 받는 비영리법인은 고유목적사업준비그ㅏㅁ을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 당해사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다(법인61).

 

신고조정의 경우 회계처리는 다음과 같다.

차) 미처분이익잉여금                          *****                      대) 고유목적사업준비금                   *****

 

세무조정

손금산입 고유목적사업준비금   ****(△유보)

 

 

(5) 고유목적사업준비금의 사용

비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다. 고유목적사업준비금을 초과하여 지출한 경우에는 이익잉여금, 출자금 순서로 상계한다.

 

고유목적사업준비금 사용시의 회계처리

차) 고유목적사업준비금                       *****                      대) 자산                                        *****

     이익잉여금                                   *****

     출자금                                         *****

 

즉, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 당해 자산가액을 다음에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리하여 한다.

① 고유목적사업준비금 중 법 제29조의 규정에 의하여 손금산입된 금액(같은조 제2항 후단의 금액을 포함한다).

② 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액

③ 법인세과세후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다)

④ 자본의 원입액

 

 

(6) 환입 및 이자상당가액 추징

손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

① 해산한 때

② 고유목적사업을 전부 폐지한 때

③ 법인으로 보는 단체가 국세기본법 제13조 제3항의 규정에 의하여 승인 취소되거나 거주자로 변경된 때

④ 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다).

 

한편, 제4항의 규정에 의하여 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을  당해 사업연도의 법인세에 가산하여 나부하여야 한다.

 

 

(7) 수입배당금 익금불산입 적용의 배제

비영리내국법인 중 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 법인은 수입배당금에 대한 익금불산입 규정의 적용이 배제된다.

 

 

 

 

2. 이자소득에 대한 과세특례

비영리내국법인은 제3조 제2호의 규정에 따른 이자·할인액 및 이익 ("소득세법" 제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 잇다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다(법62).

 

(1) 신고납부 방법을 선택한 경우

비영리내국법인이 당해사업연도의 이자소득에 대하여 신고납부방법을 선택한 경우 이자소득은 다른 수익사업에서 발생한 소득과 합산하고 고유목적사업준비금을 설정할 수 있으며, 원친징수당한 세액은 산축세액에서 공제한다. 이 방법은 일반적으로 원천징수당한 세액을 환급받을 수 있으므로 비영리법인에게 유리하다. 다만, 이자소득 중 비영업대금의 이익은 분리과세를 인정하지 않으므로서 반드시 법인세과세표준신고를 하여야 한다. 따라서 이자소득만 있는 비영리법인은 분리과세로 납세의무를 종결할 수 있으나 원천징수당한 이자소득에 대한 법인세를 환급받기 위해서는 법인세 과세표준 신고서를 제출하여야 한다.

 

 

(2) 원천징수방법을 선택한 경우

비영리법인이 당해사업연도의 이자소득에 대하여 원천징수방법을 택한 경우에는 당해 이자소득은 각 사업연도소득금액에 있어서 이르 포함하지 아니한다. 따라서 이자소득에 대하여 고유목적사업준비금을 설정할 수 없으며, 원천징수세액을 산출세액에서 공제할 수 없고 완납적 원천징수로서 납세의무가 종결 된다.

 

 

이러한 신고납부방법과 원천징수방법은 당해 법인의 자유로운 선택에 따라 적용이 가능하며, 매사업연도마다 방법을 달리할 수 있으며 동일한 사업연도에서도 일부의 이자소득은 신고납부방법을, 다른 이자소득은 원천징수방법을 택할 수도 있으나 수익사업에 합산하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수방법으로 과세하는 것이며, 수정신고나 경정등에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없다. 또한 과세표준신고시에 과세표준에 산입한 이자소득은 신고기한이 경과한 후에는 수정신과 경정청구에 의하여 원천징수방법으로 변경할 수 없다(재법인46012-87, 1999.06.03).

금융보험업을 영위하는 비영리법인이 지급받는 이자는 사업소득에 해당하므로 원천징수방법을 택할 수 없고 신고납부 방법에 의하여야 한다.

 

 

 

3. 자산양도에 대한 과세특례

 

(1) 개요

비영리내국법인(제3조 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이르 포함하지 아니한다.

1. 소득세법 제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출지지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분

2. 토지 또는 건물(검눌에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

 

 

(2) 세액의 계산방법

과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율(양도소득)을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(양도차익)에서 소득세법 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다.

소득세법 제96조·동법 제97조·동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액·필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 상속세 및 증여세법에 의하여 상속세과세가액 도는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연 받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 겨우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취드가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다(법62조의2④).

 

 

(3) 신고·납부

법인세의 과세표준에 대한 신고·납부, 결정·경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다(법62조의2⑥).