의료기관 주요 세무
Ⅰ. 의료기관에 대한 부가가치세법 적용
1. 부가가치세 면세
현행 부가가치세법은 의료보건용역에 대하여 부가가치세를 면세하고 있다.
2. 면세대상 의료보건용역의 범위
부가가치세를 면세하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것("의료법" 또는 "수의사법"의 규정에 의하여 의료가관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)로 한다.
①"의료법"에 규정하는 의사·치과의사·한의사·조산사 또는 간호사가 제공하는 용역
②"의료법"에 규정하는 접골사·침사·구사 또는 안마사가 제공하는 용역
③"의료기사등에 관한 법률"에 규정하는 임상병리사·방사선물리치료사·작업치료사·치과기공사 또는 치과위생기사가 제공하는용역
④"약사법"에 규정하는 약사가 제공하는 의약품의 조제용역
⑤"수의사법"에 규정하는 수의사가 제공하는 용역
⑥장의업자가 제공하는 장의용역
⑦"장사 등에 관한 법률" 제14조 및 제15조의 규정에 의하여 사설묘지·사설화장시설 또는 사설봉안시설을 설치한 자가 제공하는 묘지 및 화장업 관련 용역
⑧지방자치단체로부터 공설묘지·공설화장시설 또는 공설봉안시설의 관리를 위탁받은 자가 제공하는 묘지 및 화장관련용역
⑨"응급의료에 관한 법률" 제2조 제8호의 규정에 의한 응급환자이송업자가 제공하는 응급환자이송용역
⑩"하수도법" 제45조에 따른 분뇨수집·운반업의 허가를 받은 사업자와 "가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률" 제28조에 따른 가축분뇨수집·운반업 또는 가축분뇨의처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 용역
⑪"전염병예방법" 제40조의 3의 규정에 의하여 소독업의 신고를 한 사업자가 공급하는 소독용역
⑫"폐기물관리법" 제25조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가르 ㄹ받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 러리용역과 같은 법 제29조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역
⑬"산업안전보건법" 제42조의 규정에 의한 지정측정기관이 공급하는 작업환경측정용역
⑭"노인장기용양보험법" 제2조 제4호에 따른 장기요양기관이 같은 법에 따라 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동·가사활동의 지원 또는 간병 등의 용역
⑮"사회복지사업법" 제33조의 7에 따라 보호대상자에게 지급되는 사회복지서비스이용권을 대가로 국가·지방자치단체 외의 자가 공급하는 용역
Ⅱ. 개인의료사업자에 대한 소득세법 적용
1. 복식부기의무자
개인의료사업자는 소득세 납세의무를 부담하며, "의료법"에 따른 의료업. "수의사법"에 따른 수의업 및 "약사법"에 따라 약국을 개설하여 약사에 관한 업을 행하는 사업자는 간편장부대상자에 해당하지 아니한다.(소령208⑤, 147의3)
2. 사업용 계자 개설의무자
개인사업자 중 복식부기의무자가 사업용계좌 개설 대상 사업자이다(소법 160의5). 사업용계좌개설의무 불이행시 가산세(미사용금액의 1천분의 2)의 부담이 있으며, 감면을 배제한다.
3. 사업장현황신고 제출의무
부가가치세가 면세되는 개인 의료사업자는 당해 사업장의 현황을 과세기간종료 후 31일 이내에 사업장소재지관할세무서장에게 신고("사업장현황신고")하여야 한다. 의료사업자가 사업장 현황신고시 신고하여야 할 수입금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고하지 아니한 수입금액 또는 미달하게 신고한 수입금액의 1천분의 5에 상당하는 금액("사업장현황신고불성실가산세")을 해당 과세기간의 결정세액에 가산한다.
Ⅲ. 의료법인에 대한 법인세법상 납세의무
1. 비영리법인의 각 사업연도소득에 대한 법인세
비영리내국법인은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 법인세법이 규정하는 일정한 수익사업에서 생긴 소득에 대하여만 법인세 납세의무를 진다. 또한 비영리외국법인은 그 열거된 국내원천소득 중 법인세법이 규정하는 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 납세의무를 진다.
법인세법에서 열거한 수익사업의 범위는 다음과 같다.
①사업소득: 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류("한국표준산업분류")에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 사업
②소득세법상의 이자소득
③소득세법상의 배당소득
④주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
⑤고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것의 처분으로 인한여 생기는 수입은 제외한다.
(주):당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
⑥계속적 행위로 생기는 수입으로서 채권매매익: 이자소득이 발생하는 채권등의 매매익(채권 등의 매각익에서 채권 등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)
2. 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 관련 납세의무
비영리법인도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 납세의무를 부담한다.
Ⅳ. 일반 비영리법인의 고유목적사업준비금 손금산업
1. 일반 비영리법인의 고유목적사업준비금 손금산입
비영리내국법인(법인으로 보는 단체 중 일정한 단체에 포함)은 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 순금으로 계상할 수 있으며, 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산업한다(법법29①)
(주) 고유목적사업준비금 손금계상 특례
2001년말 개정세법에서는 주식회사의 외부가감에 관한 법률 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내역법인의 경우에는 법인세법 제29조에 의한 고유목적사업준비금도 잉여금처분에 의한 신고조정으로 손금에 산입할 수 있도록 하였다.
(1) 이자소득 및 배당소득 금액
①소득세법상 이자소득금액. 다만, 비영업대금이익은 제외한다.
②소득세법상 투자신탁의 이익
③특별법에 의하여 설립된 비영리법인이 당해 법류에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액
④소득세법 제17조 제1항 제1호(내국법인으로부터 받는 배당금) 제2호(법인으로 보는 단체의 배당금) 및 제6호(외국법인으로부터 받는 배당금)의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 상속세및증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되었거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.
(2) 기타의 수익사업 소득금액
기타의 수익사업에서 발생한 소득금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액
2. 소득금액 전액을 손금으로 계상할 수 있는 법인(대학병원)
사회복지법인·사립학교법인·국립대학병원 등 다음에 열거하는 공익법인에 해당하는 법인에 대하여는 2012년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법의 고유목적사업준비금 손금산입규정을 적용함에 있어서 당해 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업 준비금으로 손금에 산입할 수 있다.
고유목적사업준비금 설정한도액 = 수익사업소득×100%
①사립학교법에 의한 학교법인, 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률에 의한 산학협력단 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조에 의한 비영리법인
②사회복지사업법에 의한 사회복지법인
③국립대학병원설치법에 의한 국립대학병원, 서울대학교병원설치법에 의한 서울대학교병원, 서울대학교치과병원설치법에 의한 설울대학교치과병원 및 국립암센터법에 의한 국립암센터, 지방의료원의 설립 및 운영에 관한법률에 따른 지방의료원, 대한적십자사 조직법에 따른 대한적십자사가 운영하는 병운
④도서관 및 도서진흥법에 의하여 등록한 도서관을 운영하는 법인
⑤박물관 및 미술관진흥법에 의하여 등록한 박물관 또는 미술관을 운영하는 법인
⑥정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화예술단체로서 시행령이 정하는 법인
⑦"2011대구세계육상선수권대회"등 각종 국제행사 조직위원회
3. 고유목적사업준비금의 사용
의료법인은 일반적인 비영리법인과는 달리 다음의 사항도 "고유목적사업준비금의 사용"으로 인정한다.
(1) 병원 건물 부속토지, 의료기기 취득
의료업을 영위하는 비영리내국법인("의료법인")이 의료기기 등 다음에 정하는 고정자산(병원 건물 및 부속토지, 의료기기)을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 사용한 것으로 본다(법칙29조의2)
①병원 건물 및 부속토지
②"의료기기법"에 따른 의료기기
③"보건의료기본법"에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비
(주석)의료업의 구분경리
병원 건물 및 부속토지, 의료기기 등 고정자산을 취득하는 것을 고유목적사업준비금의 사용으로 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다(법령56⑩)
의료법인이 추득한 병원건물 내 진료실을 건강검진센터 및 영안실로 용도변경을 위해 지출한 공사비는 "법인세법시행령" 제56조 제6항 제3호"의료기기등 고정자산 취득"에 의해 같은법 시행규칙 제29조의2"(의료기기 등의 범위) 제1항 각 호의 고정자산 취득을 위하여 지출한 금액에 해당되지 않는 것임(서면 2팀-526, 2008.03.25)
(2) 의료발전회계의 처리방법
의료법인이 의료기기 등 법인세법시행규칙 제29조의2에서 규정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 당해 법인의 선택에 따라 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 경리할 수 있다(법인세법 기본통칙29-56---6)
상기 지출 금액은 법인세법시행령 제56조 제10항에 따라 의료발전회계로 구분경리하여야 하며, 이에 대한 세무상 처리방법은 아래와 같다.
구 분 병원회계(수익사업) 의료발전회계
=========== ======================================================== =========================================
100전입시 차)고유목저사업전비금전입 100 /대)고유목적사업준비금 100 -
100구입시 차)자산 100 /대)현금 100
차)고유목적사업준비금 100 /대)의료발전준비금 100 차)자산(별도관리) 100 /대)의료발전준비금 100
감가상각 차)감가상각비 20 /대)감가상각누계액 20
50처분시 차)현금 50 /대)자 산 100
감가상각누계액 20
유형자산처분손실 30
차)의료발전준비금 80 /대)의료발전준비금환입 80 차)의료발전준비금 80 /대)자산 80
Ⅴ. 공익법인 등에 대한 세무전문가 확인 규정 등
1. 공익법인 등에 대한 외부전문가의 세무확인
"의료법" 또는 "정신보건법"의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업을 영위하는 법인은 "상속세및증여세법상"의 "공익법인 등"의 범위에 포함된다.
(1) 외부전문가의 세무확인업무의 내용
상속세 및 증여세법상의 공익법인 등은 과세기간별로 또는 사업연도별로 출연받은 재산의 공익목적사업 사용 여부 등에 대하여 해당 공익법인 등으로부터 업무수행상 독립된 2명 이상의 변호사·공인회계사 또는 세무사를 선임하여 세무확인(이하 "외부전문가의 세무확인"이라 한다)를 받아야 한다. 다만, 회계감사를 받는 공익법인 등과 사업운영의 특성 및 출연재산규모 등을 참작하여 일정한 공익법인 등의 경우에는 그러하지 아니한다(상증법50①)
(2) "외부전문가의 세무확인"을 받지 않아도 되는 공익법인
"외부전문가의 세무확인"을 받지 않아도 되는 공익법인이란 다음 주 어느 하나에 해당하는 공익법인 등을 말한다.
1) 외부회계감사를 받는 공익법인
상증법 제50조 제3항의 규정에 따라 "주식회사의 외부감사에 관한 법률" 외부 회계감사를 받는 공익법인은 외부전문가의 세무확인서를 받지 않아도 된다.
2) 사업운영의 특성 및 출연재산규모 등을 참작하여 정한 공익법인
사업운영의 특성 및 출연재산규모 등을 참작하여 외부전문가의 세무확인을 받지 않아도 되는 공익법인의 범위는 다음과 같다(상증법43②)
①외부전문가의 세무확인을 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액(부동산의 경우 상증법 제60조, 제61조 및 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 대차대조표상의 가액보다 큰 경우에는 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 10억원 미만인 공익법인 등
②불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인 등(출연자 1인과 그와 상증법시행령 제26조 제4항에 규정된 특수관계에 있는 자와의 출연재산가액의 합계액이 공익법인 등이 출연받은 총재산가액의 100분의 5에 미달하는 경우에 한한다)
③국가 또는 지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등으로서 감사원법 또는 관련법령의 규정에 의하여 감사원의 회계검사를 받는 공익법인 등(회계검사를 받는 연도분에 한한다)
(3) 공익법인에 대한 외부회계감사
공익법인 등은 과세기간별로 또는 사업연도별로 "주식회사의 외부감에 관한 법률" 제3조에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 한다. 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 공익법인 등의 경우에는 그러하지 아니한다(상증법50③)
①자산규모가 다음에 정하는 규모 미만인 공익법인 등
회계감사를 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액(부동산인 경우 상속세 및 증여세법 제60조, 제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 대차대조표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 100억원 미만인 공익법인 등을 말한다(상증령43③)
②사업의 특성을 고려하여 시행령으로 정하는 공익법인 등
상속세 및 증여세법시행령 제12조 제1호 및 제2호의 사업을 영위하는 공익법인 등을 말하며. 다음에 해당하는 공익법인을 의미한다(상증령43④)
㉠종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업
㉡"초·중등교육법" 및 "고등교육법"에 의한 학교. "유아교육법"에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업
(4) 세무확인 결과를 납세지 관할 세무서장에게 보고
①외부전문가의 세무확인을 받은 공익법인 등은 그 결과를 납세지관할세무서장에게 보고하여야 한다. 이 경우 관할 세무서장은 공익법인 등의 출연재산의 공익목적사업 사용 여부 등에 관련된 외부전문가의 세무확인의 결과를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다(상증법50②)
②공익법인 등에 대한 세무확인을 한 외부전문가는 그 결과를 기획재정부령이 정하는 보고서에 의하여 세무확인을 받은 당해 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3개월 이내에 당해 공익법인 등을 관할하는 세무서장에게 보고하여야 한다(상증령43⑥)
(5) 외부전문가 세무확인 보고의무 불이행시 불이익
세무서장 등은 공익법인 등이 외부전문가의 세무확인에 대한 보고의무 등을 이행하지 아니하거나 장부의 작성·비치의무를 이행하지 아니한 경우에는 소득세과세기간 또는 법인세과세연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도의 출연받은 재산가액을 합친 금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액을 상속세 또는 증여세로 징수한다. 다만, 공익법인 등의 특성·출연받은 재산의 규모·공익목적사업운용실적 등을 감안하여 외부전문가의 세무확인대상이 되지 않는 경우에는 그러하지 아니한다(상증법78⑤)
2. 공익법인 등의 전용계좌 개설·사용의무
(1) 공익법인 등의 전용계좌 개설·사용
2007년말 개정 세법에서 공익법인 등(종교법인 제외)에게 고유목적사업 회계용 전용계좌 개설 및 사용의무를 부여하였다(상증법50의2). 기존 공익법인은 2008년 6월 30일까지 전용계좌를 개설 신고하도록 하고 있다. 전용계좌 거래대상 외의 거래는 명세서를 작성·보관한다.
전용계좌란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것을 말한다(상증령43의2)
①"금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률" 제2조 제1호에 해당하는 금융기관에 개설한 계좌일 것
②공익법인 등의 공익목적사업 외의 용도로 사용되지 아니할 것
(2) 전용계좌 사용대상 거래
다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 직접 공익목적사업용 전용계좌("전용계좌")를 사용하여야 한다.
①직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 금융기관을 통하여 결제하거나 결제받는 경우
②기부금, 출연금 또는 회비를 받는 경우. 다만, 현금을 직접 받는 경우로서 다음에 해당하는 경우는 제외한다.
현금으로 직접 지급받은 기부금·출연금 또는 회비를 지급받는 날로부터 5일(5일이 되는 날이 공휴일·토요일 또는 "근로자의 날 제정에 관한 법률"에 따른 근로자의 날에 해당하면 그 다음 날)까지 전용계좌에 입금하는 경우를 말한다. 이 경우 기부금·출연금 또는 회비의 현금수입 명세를 작성하여 보관하여야 한다.
③인건비, 임차료를 지급하는 경우
④기부금, 장학금, 연구비 등 직접 공익목적사업비를 지출하는 경우. 다만, 100만원을 초과하는 경우로 한정한다.
⑤수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그 밖의 운용소득을 고유목적사업회계에 전입(현금 등 자금의 이전에 수반되는 경우만 해당한다)하는 경우
(3) 미개설·미사용시 제재
2009년 1월 1일 이후 거래분부터 전용계좌 미사용금액에 대하여 다음과 같이 0.5%의 가산세를 부과한다(상증법78⑩)
1) 전용계좌를 사용하지 아니한 경우
전용계좌 사용대상 거래에 해당하는 경우로서 전용계좌를 사용하지 아니한 경우에는 "전용계좌를 사용하지 아니한 금액의 1천분의 5"의 가산세를 부과한다.
2) 전용계좌의 개설·신고를 하지 아니한 경우
전용계좌의 개설·신고를 하지 아니한 경우에는 다음의 금액 중 큰 금액을 가산세로 부과한다.
①개설·신고를 하지 아니한 각 과세기간 또는 사업연도의 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액 총액의 1천분의 5
②전용계좌 사용대상 거래에 해당하는 거래금액을 합친 금액의 1천분의 5\
<국세청고시 제2009-102호>
상속세 및 증여세법시행령 제43조 제8항의 규정에 의한 공익법인 등의 세무확인 규정을 다음과 같이 개정 고시합니다.
2009년 9월 30일
국 세 청 장
공익법인 등의 세무확인 규정
제1조(목적) 이 규정은 상속세 및 증여세법시행령 제43조 제8항의 규정에 의하여 공익법인 등에 대한 외부전문가의 세무확인 절차·방법 및 보고 등에 관하여 필요한 사항을 정함을 목적으로 한다.
제2조(용어의 정의)이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.
1. “공익법인 등”이라 함은 종교·자선·학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업으로서 상속세 및 증여세법시행령(이하 “영”이라 한다) 제12조 각호의 1에 규정하는 사업을 영위하는 자를 말한다.
2. “외부전문가”라 함은 상속세 및 증여세법(이하 “법”이라 한다) 제50조의 규정에 의한 변호사·공인회계사·세무사를 말한다.
3. “세무확인”이라 함은 공익법인 등이 2명 이상의 외부전문가로부터 법 제50조 및 이 규정에 의하여 출연재산의 공익사업 사용여부 등에 대하여 세무확인을 받는 것을 말한다.
4. “장부”라 함은 출연받은 재산의 보유·운용상태와 수익사업의 수입·지출내용을 빠짐없이 기록한 복식부기 형식의 장부를 말한다.
5. “대차대조표상 총자산가액”이라 함은 당해 공익목적사업과 수익용 또는 수익사업용 등으로 운용되는 모든 자산의 가액을 말한다.
제3조(세무확인 대상)공익법인 등은 법 제50조의 규정에 의한 세무확인을 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 세무확인을 받지 아니할 수 있다.
1. 세무확인을 받아야 하는 최종 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액이 10억원 미만인 공익법인 등
2. 영 제43조제2항제2호의 규정에 의한 불특정 다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인 등
3. 국가 또는 지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인등 으로서 감사원법 또는 관련법령의 규정에 의하여 감사원의 회계검사를 받은 공익법인 등(회계검사를 받은 연도분에 한한다)
제4조(세무확인사항) 영 제43조 제5항의 규정에 의한 외부전문가의 세무확인사항은 다음 각 호와 같다.
1. 출연재산 및 그 운용에 관한 사항
가. 출연재산의 3년내 공익목적사업 등에 사용 여부 및 사용내역의 적정 여부
나. 내국법인 주식을 출연받거나 취득하는 경우 주식보유기준 초과 여부
다. 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 출연재산의 운용소득 중 기준금액이상을 직접 공익목적사업에 사용 하였는지 여부
라. 출연재산을 매각하고 그 매각대금 중 각 연도별사용의무 기준금액 이상을 직접공익목적사업에 사용 하였는지 여부
마. 공익사업 수혜자의 적정 여부
바. 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등의 가액이 총재산가액의 일정비율 초과 여부
2. 자기내부거래에 관한 사항
가. 출연재산 등을 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자에게 사용수익하게 하였는지 여부
나. 이사장 및 이사 등에게 지급된 금액의 사용처 및 사용내역의 적정 여부
다. 특수관계에 있는 내국법인을 위한 광고등 행위를 위하여 지출한 금액이 있는지 여부
라. 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인 등의 이사현원의 1/5을 초과하여 취임하거나, 임직원이 되는 경우 그 이사 및 임직원에 대한 경비 지출 여부
3. 기타 공익법인 등의 운영에 관한 사항
가. 장부의 작성·비치의무 준수 여부
나. 법 제48조 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출 여부
다. 기타 공익법인 등의 운영 등과 관련하여 공익목적에 부합되지 않는 사업 또는 행위에 대한 조치사항
제5조(세무확인기간)공익법인 등은 과세기간별로 또는 사업연도별로세무확인을 받아야 한다.
제6조(세무확인서 작성 및 보고)①외부전문가는 제4조에서 규정한 세무확인사항을 확인하여 공익법인등이 작성한 상속세 및 증여세법 시행규칙 제25조 제1항 각 호서식의 적정여부를 검증하고, 별지 제1호 내지 제7호 서식에 의하여 세무확인서 등을 작성하여야 한다.
②제1항의 세무확인서 등은 공익법인 등이 비치하고 있는 장부, 결산보고서 및 그 부속서류, 기타 증빙서류 등에 의하여 정확하게 작성하여야 하며, 장부 등이 사실과 다른 경우에는 외부전문가가 확인한 사실에 따라 이를 작성하여야 한다.
③법 제50조 제2항의 규정에 의한 세무확인 결과의 보고는 제1항에 의하여 외부전문가가 작성한 세무확인서 등에 결산보고서 등 증빙서류를 첨부하여 과세기간 또는 사업연도의 종료일로부터 3월 이내에 납세지관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
제7조(외부전문가의 선임제한) 공익법인 등은 외부전문가를 선임함에 있어 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 선임하여서는 아니된다.
1. 당해 공익법인 등의 출연자(재산출연일 현재 당해 공익법인 등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자를 제외한다)·설립자(이하 “출연자 등”이라 한다) 또는 임직원(퇴직후 5년이 경과하지 아니한 자를 포함한다)
2. 출연자 등과 영 제13조 제9항 제1호의 관계에 있는 자. 다만, 출연자 등이 출가녀인 경우에는 남편과의 관계에 의한다.
3. 출연자 등과 영 제13조 제9항 제2호의 관계에 있는 자. 이 경우 “상속인”은 “출연자 등”으로 본다.
4. 출연자 등 또는 이들이 경영하는 회사(당해 회사가 법인인 경우에는 출연자 등이 영 제19조 제2항에서 규정하는 “최대주주 또는 최대출자자”인 경우를 말한다)와 소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문 등의 거래가 있는 자
5. 공익법인 등과 업무와 관련된 채권·채무 이외의 채권·채무 관계에있는 자
6.기타 당해 공익법인 등과 뚜렷한 이해관계가 있어서 그 직무를 공정하게 수행하는 데 지장이 있다고 인정되는 자
7. 외부전문가가 소속된 법인이 제1호 및 제5호 내지 제6호에 해당하는 자
제8조(외부전문가의 의무 등) ①외부전문가는 법 제50조의 규정에 의하여 세무확인을 함에 있어 외부전문가의 직무를 규율하는 법령에 규정된 바에 따라 직무상 의무를 성실히 수행하여야 한다.
②세무서장은 외부전문가가 제1항 및 제6조 제2항의 의무를 위반한 때에는 관련규정 등이 정하는 바에 따라 징계 등 처벌을 요청하여야 한다.
③관련 규정에 따라 처벌을 받은 외부전문가는 처벌을 받은 날로부터 3년간 공익법인 등의 세무확인 업무를 수행할 수 없다.
제9조(재검토기한)「훈령·예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」(대통령훈령 제248호)에 따라 이 고시를 발령한 후의 법령이나 현실 여건의 변화 등을 검토하여 이 고시의 폐지, 개정 등의 조치를 하여야 하는 기한은 2012년 9월 30일까지로 한다.
부 칙 (2007. 5. 1)
① (시행일) 이 개정규정은 고시한 날부터 시행한다.
② (일반적 적용례) 이 개정규정은 이 규정 시행후 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용한다.
부 칙(2009. 9. 30.)
제1조(시행일) 이 고시는 2009년 10월 1일부터 시행한다.
<세법해석 사례>
①"상속세 및 증여세법" 제50조 및 같은 법 시행령 제43조에 따라 외부전문가의 세무확인 및 회계감사는 당해 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 2개월 이내에 실시하고, 세무확인서 또는 감사보고서를 과세기간 또는 사업연도 종료일로부터 3개월 이내에 관할 세무서장에게 제출하여야 하는 것임(재산세과-126,2009.09.03)
③"상속세 및 증여세법시행령" 제12조 규정에 의한 공익법인 등이 "주식회사의 외부감사에 관한 법률" 제3조에 따른 감사인에게 회계감사를 받는 경우에는 해당 사업연도에 대하여 "상속세 및 증여세법" 제50조 제1항의 규정에 따른 외부전문가의 세무확인을 받지 않아도 되는 것임(재산세과-1113,2009.06.05)
③"초·중등교육법"에 의한 학교를 설립·경영하는 사업을 영위하는 자는 "상속세 및 증여세법" 제50조 제1항에 따라 외부전문가의 세무확인을 받아야 하며, 같은 법 제16조 제2항에 의한 성실공익법인 등의 요건을 갖추기 위해서는 같은 법 제50조 제3항에 따른 외부감사를 이행하여야 하는 것임(재산세제과-641,2009.03.27)
※별제 제1호서식(공익법인 등의 세무확인서), 별지 제2호 서식(공익법인 등의 세무확인 결과 집계표)참조바람