비영리법인의 부가가치세 실무

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비영리법인의 부가가치세 실무

 

1. 부가가치세 실무

 

(1) 부가가치세법상 납세의무자 여부

부가가치세법상 납세의무자는 영리목적 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화나 용역을 공급하는 자이다. 따라서 비영리법인도 사업상 독립적으로 재화나 용역을 공급하는 자이다. 따라서 비영리법인도 사업상 독립적으로 재화나 용역을 공급하는 경우에는 부가가쳇의 납세의무를 진다. 따라서 국가나 지방자치단채, 비영리기관, 아파트관리주체 등도 부가가치세가 과세되는 재화나 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세가 과세된다. 즉, 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 부동산 임대업, 도·소매업, 음식·숙박업, 골프장·스키장운영업, 기타 운동시설 운영업은 부가가치세가 과세된다(부령38.3).

 

 

(2) 사업자등록

비영리법인은 부가가치세법의 납세의무가 없는 겨우에도 과세자료의 효율적 관리를 위하여 등록번호에 준하는 고유번호를 부여하도록 하고 있다(부령8). 다만, 비영리법인이 북가가치세 과세대상인 재화나 용역을 공급하거나 수익사업을 개시하는 경우에는 부가가치세법 또는 법인세법상 사업자등록을 신청하여야 한다. 만일 고유번호 부여상태에서 과세대상인 재화를 공급받고 세금계산서를 발급받은 경우에는 등록전 매입세액에 해당되어 매입세액공제를 받을 수 없다. 즉, 비영리법인으로 등록한 장학재단이 부가가치세 과세사업을 영위하고자 하는 경우에는 부가가치세법 제5조의 규정에 의하여 사업자등록을 하지 아니하고 당해 과세사업과 관련하여 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세 매입세액은 동법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이다(재소비46015-10, 2003.01.09).

 

즉, 수익사업을 하지 않는 경우 교부받는 고유번호는 사업자등록이 아니므로 세금계산서를 발행할 수 없고 매입세액공제를 받을 수 없다. 따라서 수익사업을 영위하고 부가가치세가 과세되는 재화나 용역을 공급하는 비영리법인은 수익사업 개시신고와 부가가치세법상 사업자등록을 신청하여야 한다.

 

 

(3) 과세대상

비영리법인의 부가가치세 과세대상은 재화나 용역을 공급하는 거래이다. 다만, 비영리법인의 재화가 수익사업에서 비수익사업으로 또는 비수익사업에서 수익사업으로 이전되는 것은 계약상 또는 법률상의 원인에 의한 공급이 아니므로 부가가치세법에서 규정하는 간주공급에 해당되는 것을 제외하고는 과세대상이 아니다. 한편, 비영립법인의 법인세가 과세되는 수익사업과 부가가치세 과세대상인 사업의 범위와는 항상 일치하는 것은 아니다. 즉, 비영리법인의 법인세 과세대사인 수익사업의 범위에서는 제외되는 부가가치세가 과세대상인 경우도 있을 수 있다.

① 비영리 종교단체인 교회가 부가가치세가 과세되지 아니하는 고유목적사업을 위하여 사용 중이던 교회 건물을 매각하는 경우, 그 건물의 매각은 "부가가치세법" 제1조의 규정에 의한 과세대상에 해당되지 아니하는 것이다(부가-2909, 2008.09.04).

② 지방자치단체가 "공유재산 및 물품관리법" 제4조의 규정에 의한 부동산을 비영리법인(단체)에게 사용하게 하고 비영리법인(단체)에 그 사용료를 당해 지방자치단체로부터 받은 보조금을 재원으로 지급하는 경우 당해 부동산의 임대용역에 대하여는 "부가가치세법시행령" 제38조 제3호의 규정에 의하여 부가가치세가 과세도는 것이다(서면3팀-2685, 2007.09.28).

③ "의료법" 제28조의 규정에 의하여 설립된 대한한의사협회가 같은 법 시행령 제19조의 4 제2항 제3호의 규정에 따라 보건복지부장관으로부터 위임받은 의료광고 심의용역을 한의사, 한의원, 한방병원 등에게 제공하고 대가를 받는 경우 그 대가는 "부가가치세법" 제7조의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이다(서면3팀-1706, 2007.06.13).

 

 

(4) 세금계산서합계표의 제출

세금계산서를 발급받은 국가·지방자치단체·지방자치단체조합과 다음에 해당하는 자는 부가가치세의 납세의무가 없는 경우에도 매입처별세금계산서합계표를 당해 과세기간 종료 후 25일 이내에 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다(붑법20④).

① 부가가치세가 면제되는 사업자 중 소득세 또는 법인세의 납세의무가 있는 자("조세특례제한법"에 의하여 소득세 또는 법인세의 납세의가 있는 자를 포함한다)

② "민법" 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인

③ 특별법에 의하여 설립된 법인

④ 각급학교 기성회·후원회 또는 이와 유사한 단체

 

따라서 비영리법인이 부가가치세법상 과세사업을 영위하지 아니하는 경우에도 매입처별세금계산서합계표를 제출하여야 한다. 다만, 미제출에 대한 가산세는 부과하지 않는다.